NÚCLEO
DO BIOINFORMÁTICA
UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA
Alinhamentos 3D
CE Home Page- Ferramentas e
bancos de dados para comparações e alinhamentos de estruturas 3D.
Dali (EMBL) - Servidor para comparação de estruturas 3D.
Dali - Pair structure alignment - Alinhamento de 2 estruturas 3D.
HOMSTRAD
- Procura de homologia através de alinhamentos tridimensionais.
Vast Search
- Servidor de alinhamentos estruturais do NCBI. Cheque o resultado da submissão
aqui.
Aprender
Algorithms in Molecular Biology - Algorítmos de bioinformática (School of Mathematical Sciences -
Israel)
Biocomputing Course
Resource List Course Syllabi - Lições e
tutoriais em bioinformática.
Bioinformatic.org - Projetos
de bioinformática.
Bioinformatic tutorials -
Tutoriais de bioinformática.
Bioperl
- Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática,
utilizando PERL.
BioJava - Desenvolvimento de ferramentas
de bioinformática, utilizando JAVA.
Introduction
to Bioinformatics - Introdução a bioinformática (Weizmann
Institute of Science Genome and Bioinformatics).
ISCB -
Sociedade Internacional para Biologia Computacional
LNCC/MCT - Curso de
especialização (Latu senso)
(Laboratório Nacional
Online Courses
and Tutorials -
Diversos tópicos e tutoriais sobre bioinformática.
Docking & Dynamics
AMBER - Software de
simulações moleculares.
DOCK WWW
PAGE - Software para docking
molecular (Linux/Unix).
FlexX - Software para docking
molecular.
FTDock - Software para
docking molecular.
GRAMM - Software para
docking molecular.
Links - Lista com alguns sites relacionados.
Xplor - Software para dinâmicas moleculares.
X-SITE -
Software para docking molecular.
Expasy - Diversas ferramentas para bioinformática
ExPASy - Página inicial.
ExPASy
- PROSITE - Detecção de famílias e domínios de proteínas.
ExPASy - PROSITE search by description - Procura por
famílias e domínios de proteínas através de palavras-chave.
ExPASy - ProtParam tool - Parâmetros físico-químico - Estimativas de
parâmetros físico-químicos de proteínas a partir de uma sequência.
Filogenia
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
Genamics
Genamics - Página inicial.
Genamics SoftwareSeek -
Procura por softwares neste site.
Modelagem Molecular
Life Science - Molecular Modeling and Simulation - Notícias e softwares de Bioinformática.
Modeller - Software para modelagem molecular
baseada em homologia (Linux/Unix).
Molecular Monte Carlo Software - Softwares de
simulação (Linux/Unix).
Molecular software links - Links para softwares utilizados em modelagem
molecular.
O for linux - Software para visualização e manipulação
de estruturas 3D (Unix/Linux).
Swiss-model - Servidor de modelagem molecular baseada
em homologia.
Validation for Protein
Structures - Servidor de análises de estruturas
3D.
Verify 3D - Servidor de
análise de estruturas 3D.
What if server - Servidor de análise de estruturas 3D.
WHAT IF V4.99 - Servidor de análise de estruturas 3D.
WHAT IF Web
Interface - Servidor de análise de estruturas 3D.
NCBI (National
Center for Biotechnology Information) - Diversas ferramentas para bioinformática.
NCBI - Diversas ferramentas de bioinformática.
NCBI - BLAST -
Ferramenta de procura local de homologia (Basic
Local Alignment Search Tool).
NCBI - CAGP - Dados
comparativos de expressão em células normais e cancerosas (Cancer
Genome Anatomy Project).
NCBI
- CD-Search - Procura de domínios conservados a
partir de uma sequência de aminoácidos.
NCBI - Entrez-Structure (Search structure by sequence) - Procura de
estruturas 3D a partir de uma sequência homóloga.
NCBI - Genes and diseases - Associações
entre doenças e genes, indicando o locus.
NCBI - Gene Expression Omnibus Home - Saiba mais sobre a expressão de seu gene de
interesse.
NCBI
- SAGEmap xProfiler - Comparações utilizando dados obtidos por
SAGE.
NCBI
- UniGene - Digital Differential Display,
NCBI VAST Home Page - Alinhamento de
estruturas 3D.
Outros
Biolinks -
Diversos links
relacionados com bioinformática e biologia molecular.
CATH
- Classificação estrutural de proteínas através de hierarquia (Class,
Architecture,
Topology
and Homologous superfamily).
FSSP -
Classificação de enovelamentos baseado em alinhamentos estruturais de proteínas
(Fold
classification based on Structure-Structure
alignment of Proteins).
KEGG -
Mapas de vias metabólicas e diversos outros recursos de bioinformática.
MEROPS - Banco de
dados de proteases.
Molecular Biologist Toolkit - Ensino de bioinformática
(University of
Washington).
Multialin
- Servidor de multialinhamento de sequências.
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_multalin.html
- Servidor de multialinhamento de sequências
(site original acima).
Multialign
with Clustalw -
Servidor de multialinhamentos de sequências
usando o software ClustalW
no EBI (European
Bioinformatic Institute).
PDB
MultiGif - Servidor para a criação de gifs animados a partir de arquivos .pdb.
Protein
Data Bank (RCSB) - Banco de dados de estruturas
moleculares em 3D (página inicial).
Protein Data Bank - Search - Banco de dados de estruturas moleculares em 3D
(página de procura).
Protein Structure Classification - Classificação estrutural de proteínas.
PSORT - Predição da
localização celular de proteínas, baseado na sequência
e organismo de origem.
SAL - Softwares
e informações sobre bioinformática.
SCOP -
Classificação estrutural de proteínas (Structural Classification
of Proteins).
Searching Swiss-Prot -
Procura de sequências protéicas no banco de dados Swiss-Prot.
Signal Peptide - Servidor
para a identificação de peptídeos sinais e seus pontos de clivagem.
Softberry
- Softwares aplicados à genômica.
Software
for computational chemistry
- Diversos links relacionados com bioinformática.
Stanford Genomic Resources - Site com
diversos recursos aplicados a genômica (Stanford University).
The Institute for Genomic Resources (TIGR) - Banco de dados e servidor com
diversas ferramentas de bioinformática.
Virtual Genome Center - Servidor
de softwares úteis em biologia molecular
WebPhylip - Servidor para a criação de árvores
filogenéticas.
Softwares
para Linux
Download Tops software for LINUX -
Software para o desenho de esquemas topográficos de proteínas.
Phylodendron - Construção
de árvores filogenéticas.
Visualização molecular
Chime - Plugin
para visualização de estruturas 3D na internet.
Rasmol - Visualização de arquivos 3D (Windows/Mac) (freeware).
Swiss
PDB-Viewer - Visualização e manipulação de
arquivos 3D (Windows/Mac/Linux/SGI) (Freeware).
VMD - Visual
Molecular Dynamics (Windows/Mac/Unix/Linux) (Freeware)
WebLabViewer
- Visualização (ótima qualidade) e manipulação de arquivos 3D (Freeware).