A engenharia cromossômica de plantas é uma ramificação da citogenética que envolve modificações do genoma de plantas via manipulação de núcleos e cromossomos.

O genoma de plantas pode ser cromossomicamente modificado com o uso de substâncias químicas, radiação ou com equipamentos via micromanipulação.

Plantas monoplóides, monossômicas e poliplóides podem ser geradas por técnicas de engenharia cromossômica.