A estrutura administrativa do Convênio Nestlé é composta por dois coordenadores (administrativo e técnico), e assessor técnico, uma equipe de apoio (uma secretária executiva e um digitador), e uma equipe técnica de campo (um zootecnista e um veterinário). O Convênio Nestlé tem 4 veículos próprios para transporte de técnicos e estagiários até as propriedades rurais assistidas. Sua sede está localizada no Campus da UFV.

O Convênio Nestlé tem seus recursos financeiros mensalmente doados pela Nestlé Brasil Ltda., depositados diretamente na conta da Funarbe, que são administrados pela coordenação, e são utilizados para pagar a prestação de serviço das equipes técnica e de apoio, e efetuar despesas diversas, incluindo combustível, manutenção de veículos, programa de rádio, jornal, segundo orçamento aprovado anualmente pela Nestlé.

A Fundação Arthur Bernardes (Funarbe) é um órgão sem fins lucrativos vinculado à UFV, que administra convênios, prestando contas de suas atividades aos seus Conselhos de Administração e Fiscal, ao Ministério Público, ao Tribunal de Contas da União, e ao MEC. A diretoria, o Conselho Fiscal, e o Conselho de Administração da Funarbe, são eleitos pelos Administração Superior da UFV.